三元乙丙复合型防水卷材虽然具有诸多优点，但在实际应用中也存在一些缺点和局限性：

附着性不强：三元乙丙复合型防水卷材与基层的附着力可能不够强，这可能导致在使用过程中出现脱层现象，从而影响防水效果。因此，在选择和使用这种卷材时，需要特别注意其与基层的兼容性，并采取适当的措施增强其附着力。

易老化：这种卷材对紫外线、氧气等物质，长时间暴露在这些物质下，容易发生老化龟裂，导致防水卷材的寿命缩短。因此，在使用时需要避免长时间暴露在阳光下或接触化学物质，并定期进行维护和检查。

耐候性受限：在高温或寒冷条件下，三元乙丙复合型防水卷材的性能可能会受到影响，导致防水效果下降。因此，在选择使用这种卷材时，需要考虑施工环境的温度条件，避免在天气条件下进行施工。

施工要求严格：虽然三元乙丙复合型防水卷材的施工相对简便，但为了确保防水效果，仍需要严格按照施工规范进行操作。施工过程中的任何疏忽或不当操作都可能导致防水层的失效。

价位较高：相对于其他类型的防水卷材，三元乙丙复合型防水卷材的价位可能较高。这可能会增加工程的成本，对于一些预算有限的工程来说，可能不太适用。

综上所述，虽然三元乙丙复合型防水卷材具有诸多优点，但在使用时也需要注意其缺点和局限性，以确保防水工程的质量和效果。在选择使用这种卷材时，需要根据工程的具体需求和条件进行综合考虑。